A pelo menos 3 meses de chuvas substanciais nas cabeceiras, o rio São Francisco começa a demonstrar sua debilidade, com a queda do nível dos reservatórios, apesar da rígida regulação da vazão nas barragens. O reservatório de Sobradinho está pouco acima de 29% da sua capacidade; Três Marias com 39% e Itaparica com 21%. A capacidade de geração está limitada em Sobradinho à vazão de 550 m³/segundo, quando a descarga mínima até 2015 atingia até 1.300 m³/segundo.
De outubro de 2016 a maio de 2017, choveu 51% abaixo da média para o período, o que faz do período chuvoso de 2016/2017 o pior ano hidrológico para a bacia do São Francisco. O último ano de precipitação acima da média foi em 2011.
Na última temporada de chuvas, 2017/2018, grandes precipitações nas cabeceiras recuperaram parte dos reservatórios. Sobradinho chegou a ultrapassar 40%. No entanto a regulação tem proporcionado aparecimento de algas nas secas e salinização de grandes trechos do rio na foz.
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